分子与质粒载体构建
实验原理
外源DNA与载体分子的连接就是DNA重组,pcr,这样重新组合的DNA叫做重组体或重组子。重组的DNA分子是在DNA连接酶的作用下,有Mg2 、ATP存在的连接缓冲系统中,将分别经酶切的载体分子与外源DNA分子进行连接。DNA连接酶有两种:T4噬菌体DNA连接酶和大肠DNA连接酶。两种DNA连接酶都有将两个带有相同粘性末端的DNA分子连在一起的功能,而且T4噬菌体DNA连接酶还有—种大肠连接酶没有的特性,即能使两个平末端的双链DNA分子连接起来。但这种连接的效率比粘性末端的连接效率低,一般可通过提高T4噬菌体DNA连接酶浓度或增加DNA浓度来提高平末端的连接效率。
T4噬菌体DNA连接酶催化DNA连接反应分为3步:,T4DNA连接酶与辅助因子ATP形成酶—AMP复合物;然后,酶—AMP复合物再结合到具有5’磷酸基和3’羟基切口的DNA上,基因检测多少钱,使DNA腺苷化;后产生一个新的磷酸二酯键,把切口封起来。
DNA重组的方法主要有粘端连接法和平端连接法,为了防止载体本身的自连,可以通过(牛碱性磷酸酶)CIP处理克服。
连接反应的温度在37℃时有利于连接酶的活性.但是在这个温度下,粘性末端的氢键结合是不稳定的。因此人们找到了一个折中温度,即12-16℃,连接12-16h(过夜),这样既可大限度地发挥连接酶的活性,又兼顾到短暂配对结构的稳定。
18.引物是经过PAGE纯化的,为什么还有碱基缺失或插入?
答:理论上分析型PAGE变性电泳,可以区分引物之间一个碱基的差别。但是制备PAGE电泳,上样量都是非常大,电泳时的条带非常宽,带与带之间有重叠,分辨率已下降,电泳后割带回收目的引物时,很难说不割到差别仅几个碱基的引物。国内有一个不好的现象,PAGE纯化的引物,特别是长引物要的量都比较高,导致割的条带有时可能比较宽。建议:您如果减少OD数,引物遇到的问题可能就会少一些。
19. TaqMan 探针设计的基本原则是什么?
答:下列原则供您参考。
◆TaqMan 探针位置尽可能靠近扩增引物(扩增产物50-150bp),但不能与引物重叠。
◆长度一般为18-40mer 。
◆G-C含量控制在40-80%左右。
◆避免连续相同碱基的出现,特别是要避免GGGG或更多G出现。
◆在引物的5"端避免使用G。
◆选用比较多的碱基C。
◆退火温度Tm控制在 68-70C 左右。
有用的荧光染料参数
动物组织细胞基因组DNA提取
操作步骤
1. 取新鲜或冰冻动物组织块0.1g(0.5cm3),尽量剪碎。置于玻璃匀浆器中,加入1ml的细胞裂解缓冲液匀浆至不见组织块,转入1.5ml 离心管中,加入蛋白酶K
(500ug/ml)20μl,混匀。在65℃恒温水浴锅中水浴30min,也可转入37℃水浴12~24h,间歇振荡离心管数次。于台式离心机以12000 rpm离心5min,取上清液入另
一离心管中。
2.加2倍体积异,倒转混匀后,可以看见丝状物,用100ul 吸头挑出,凉干,用200ul TE 重新溶解。(可进行PCR反应等,需要进一步纯化的按下列步骤进行)
3.加等量的酚??振荡混匀,离心12000 rpm,5min。
4.取上层溶液至另一管,加入等体积的?,振荡混匀,离心12000 rpm,5min。
5. 取上层溶液至另一管,加入1/2体积的7.5mol/L氨加入2倍体积的无水乙醇,混匀后室温沉淀2min ,离心12000 rpm ,10min。
6.小心倒掉上清液,实时定量pcr,将离心管倒置于吸水纸上,将附于管壁的残余液滴除掉。
7.用1ml 70%乙醇洗涤沉淀物1次,离心12000 rpm ,PCR, 5min。
8.小心倒掉上清液,将离心管倒置于吸水纸上,将附于管壁的残余液滴除掉,室温干燥。
9.加200ul TE重新溶解沉淀物,然后置于4℃或?C20℃保存备用。
10.吸取适量样品于GeneQuant上检测浓度和纯度。
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