STR的历史背景
系错误问题已有50年历史,基于**库的分析数据显示:1984年错误率为35%,19年为18%,直到近几年,应用于生物领域的系需要的问题仍然很少有人关注。
2011年初,美国菌种保藏中心(ATCC)制定了人源系STR标准,旨在约束因交叉污染和错误辨识所导致的无效科研数据的不断扩增现象。大量研究表明 STR 分型方法是进行交叉污染和性质的有效和准确的方法之一,STR分型应用于细胞鉴定已被ATCC等机构强烈推荐。美国的ATCC 库、德国的*Z库以及日本的JCRB库等为STR 分型提供了各株的数据供比对依据。
STR基因位点由长度为3~7个碱基对的短串连重复序列组成[14],这些重复序列广泛存在于人类基因组中,可作为高度多态性标记,被称为细胞的DNA指纹(如目前我们亲子鉴定即采用该技术),其可通过PCR(聚合酶链式反应)来检测。STR基因座位上的等位基因可通过扩增区域内重复序列的拷贝数的不同来区分,在毛细管电泳分离之后可通过荧光检测来识别,随后通过一定的计算方法[13,15],即可根据所得的STR分型结果与的细胞STR数据库比对从而推算出样品所属的细胞系或可能的交叉污染的细胞系名称。
2011年美国国家标准学会颁布了一份细胞STR鉴定国家标准;2014 年12 月、2015 年2 月Science 杂志分别发表文章专题阐述细胞交叉污染和错误辨识严重性;2015 年4 月Nature通知:Nature 旗下杂志将从5 月开始要求作者鉴定论文中所用细胞系;2015年6月有报道称一科学家由于用错细胞系,撤销Nature论文。其实关于细胞污染问题不少机构、学者一直呼吁各个实验室及相关机构重视。
据统计约30%细胞系被交叉污染或错误辨识[1-7],因使用了交叉污染或错误辨识的细胞而导致研究结论错误、结果不可重复、细胞灾难性后果……,这浪费大量时间、精力和金钱。因此近年NIH、ATCC、Nature和Science等对此多次发出呼吁,要求研究者对细胞进行鉴定[4,5,7-11],如2011年美国国家标准学会颁布了一份细胞STR鉴定国家标准[12];2014年12月、2015年2月Science杂志分别发表文章专题阐述细胞交叉污染和错误辨识严重性[4,5];2015年4月Nature通知:Nature旗下杂志将从5月开始要求作者鉴定论文中所用细胞系[10];2015年6月有报道称一科学家由于用错细胞系,撤销Nature论文。STR(Short Tandem Repeat,短串联重复序列)基因分型已被ICLAC、ATCC等机构作为金标准应用于细胞鉴定[11-13],目前越来越多的杂志要求在投稿时提供细胞STR分型数据。
已开始要求细胞STR鉴定的:
Nature;
BioTechniques;
Cancer Research;
Cancer Discovery;
Clinical Cancer Research;
Molecular Cancer Research;
Cancer Prevention Research;
International Journal of Cancer;
Molecular Cancer Therapeutics;
Cell Biochemistry and Biophysics;
Cancer Epidemiology, Biomarkers & Prevention;
In Vitro Cellular & Developmental Biology – Animal;
北京科鉴基因中心,专注细胞STR鉴定十三年
科鉴基因细胞STR鉴定服务项目:
1、人源细胞STR分型检测;
2、人源细胞来源一致性检测;
3、人/鼠细胞交叉污染检测;
4、中小鼠源饲养层细胞污染检测;
5、中大鼠源饲养层细胞污染检测;
6、异体细胞移植后嵌合情况检查。
请问该如何送样测试?
答:为保证样品质量和STR鉴定效果,我们不建议客户直接送检自己提取好的基因组DNA。推荐客户直接寄送细胞沉淀,方法:用PBS将细胞洗2遍后,收集细胞于一干净无菌离心管中,离心、去上清,即得细胞沉淀(细胞数≥1000,000 个,细胞沉淀应至少肉眼明显可见),用封口膜封好离心管管口以防止样品泄漏及其他细胞污染。样品随冰袋寄送到我司即可。
北京科鉴基因中心是北京**鉴定平台和研发技术平台相结合。法医物证鉴定实验室和批DNA鉴定研发实验室以及工作者。平台用于亲子鉴定的测序仪器有:ABI 3100、ABI 3130XL、ABI 3500、ABI 3730XL等多种型号。DNA鉴定包括DNA亲子鉴定,亲缘鉴定、细胞鉴定等多项STR分型检测技术在生活中的应用。平台2007年开始就从事着DNA检测技术,有多年的DNA检测技术经验,同时随着科学的发展,新的遗传基因的发现,开发更多的DNA检测项目。平台北京法医物证鉴定实验:是亲子鉴定平台,是遵照***部颁布的鉴定机构管理办法,经北京**局核准登记的专业**鉴定机构。拥有国内*的法医物证鉴定*团队,具备国内外成员之一的DNA鉴定技术平台和完善的质量管理体系。负责人博士学位,为北京市局法医物证专业领域带头人,负责实验室质量管理,对实验室承担的各类案件检验的结果,数据库串并结果等进行审核,为法医物证领域的带头人。平台DNA鉴定研发实验室:在北京苏州建立DNA鉴定实验,以专业成员之一的技术为社会提供DNA检测服务;为科研院校提供STR分型检测服务。可以提供检测技术有:个人亲子鉴定 可选择的样本有:血痕、毛发、口腔拭子、烟头、指甲、牙刷、斑痕、口香糖;办理方式有:现场办理、送检样本、邮寄样本;还可以匿名。条件:提供合格的DNA检测样本。**亲子鉴定 用途:迁户、、办理出生医学证明、法律用途。条件:被鉴定人要到场,并提供有效身份信息证明。无创产前亲子鉴定 用途:确认孩子父亲。条件:孕周6周后。胎儿羊水亲子鉴定 用途:确认孩子父亲。条件:孕周16-24周间。亲缘关系鉴定 用途:寻祖、确认血缘关系。关系:同一父亲、爷孙、叔侄;同父同母。ABO血型检测 用途:检测个体的控制血型的基因型。细胞鉴定 项目:人源细胞鉴定、小鼠细胞鉴定、种属鉴定(猴源细胞鉴定、细胞鉴定、大鼠细胞鉴定);以及支原体检测(恒温法+PCR法)、细胞核型分析(NGS技术)、HLA分型。用途:STR分型检测方法在科研方面的应用。目的:确认细胞系,以及是否有污染。样本确认 血斑确认:鉴定标准-《人血红蛋白检测金标试纸条法》(GA 765-2008)精斑确认:鉴定标准-《人PSA检测金标试剂条法》(GA 766-2008)