植物DNA的“一管法”提取方法:1 称取100mg新鲜植物组织,剪碎置于1 5ml离心管中,可加入少许无菌石英砂,加入3滴提取缓冲液,用带玻璃钻头的电钻充分研磨匀浆。2 加入400μl提取缓冲液,混匀后置于90℃水浴中,不时颠倒摇匀。3 温育20min后,置于冰浴中5min,使组织和聚乙烯聚吡咯烷酮(polyvinylpolypyrrolidone,PVPP)沉淀,置于4℃下保存备用。
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回收产物的检测
1.紫外分光光度计法检测DNA在OD260处有明显吸收峰,当OD260=1时,相当于大约50 ng/μL双链DNA、40 ng/μL单链DNA。OD260/OD280≈1.6~1.9时,说明DNA纯度较高。若洗脱时不用洗脱缓冲液,而是用去离子水,会使比值偏低,因为离子的存在会影响吸光度。但不表示纯度低。
2.SYBR法检测取回收产物1 μL,分子量marker,与1 μL SYBR染料混匀,于荧光透1视仪下观察是否有黄绿色荧光。
3.琼脂糖凝胶电泳法检测取回收产物5 μL,与10×Loading Buffer混匀,DNA Marker加5 μL,电泳后凝胶成像观察。5 μL DNA Marker相当于每个条带50 ng DNA,观察目的条带亮度大致为Marker的两倍,则大致估算其浓度约为20 ng/μL。
在选用支原体PCR法检测来替代药典方法时,需要考虑如下两个方面:
首先一步是要使用符合欧洲药典要求,经过全方面验证的支原体检测试剂盒,第二部是自我验证,即确认所用的样本基质对于该试剂盒方法是合适的,并且操作过程是正确的。小规模的室内验证通常需要采用三个不同批次的试剂盒,然后加入10CFU的标准品,做复孔(通常是8个复孔),并且至少选择3个支原体物种进行验证。
有的支原体标准品厂家会提供CFU与基因拷贝数的比值,以方便二者的换算。因为10CFU只能确定PCR能够达到的检测限在10CFU以下,但无法具体确定灵敏度的数值。带DNA拷贝数标定的基因组DNA标准品则可进一步确定检测限的数值。
总之,PCR方法很有用,但需要避免假阴性,验证时应使用阳性对照、阴性对照、无模板对照和内控对照,以保证PCR反应正常,以及支原体少量存在时确实能检出来,支原体不存在时也确保是结果阴性,从而使得PCR方法在工业应用时能确保zui终结果的可靠。
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